咳痰标本应用最早且广泛，但也是最受争议的标本 。咳痰途经口咽部，不可避免地受到污染 ，研究显示，国内常规痰标本中约半数存在唾液严重污染现象。如果临床痰标本送检质量不高，痰培养结果就可能仅仅是定植菌，甚至是污染菌，从而不能准确做出病原学诊断，导致临床选药不当，或者用药过度。因此，临床务必严格遵守《痰标本采集与运送SOP》，确保痰标本的采集和运送质量； 咳痰标本的采集方法在抗生素应用前采集痰标本 ；医师或护士直视下采集标本 ；患者晨起刷牙或漱口（漱口至少3次）；教育病人深咳，收集从下呼吸道气管深处咳出的痰液 ；标本应盛于清洁有盖容器（专用）内立即送检，力求新鲜，以免细胞和细菌自溶。 痰培养的送检次数对于普通细菌性肺炎，痰标本送检每天1 次，连续2～3天。不建议24h内多次采集， 除非痰液外观性状出现改变；怀疑分枝杆菌感染者，应连续收集3天清晨痰液送检。 痰培养的运送与保存尽快（<2h）送至实验室，如不能及时送达，应将标本暂存于4℃，但放置时间不可超过24h。 被口咽部菌群污染的标本如咳痰等不可用于厌氧菌培养。